В начале 2000 года в Екатерининском монастыре принял монашеский постриг священник Валерий (Ларичев); отец Валерий — настоятель храма святых мучеников Флора и Лавра в селе Ям, в котором провел последние несколько лет жизни священномученик Ярослав (Савицкий), служивший до этого в Екатерининском монастыре.
Наступивший год был для христиан всего мира годом 2000-летия Рождества Христова. По приглашению и. о. Президента В. В. Путина и Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, настоятель Свято-Екатерининского монастыря епископ Тихон 12 января присутствовал на торжественном вечере в Государственном Кремлевском дворце.
В Юбилейном году один за другим, усердием монашествующих и прихожан, продолжали открываться восстановленные храмы и монастыри. 2 апреля братия и прихожане Свято-Екатерининского монастыря ездили на открытие Серафимо-Знаменского скита, основанного в начале XX века игуменией Фамарью (Марджановой), а спустя неделю — на открытие Свято-Троицкой Одигитриевой Зосимовой пустыни. Повседневная жизнь Екатерининского монастыря приносит много духовных радостей. Отзвучали слова песнопений, посвященных празднику славянской письменности.
9 июня Владыка Тихон совершил Божественную литургию в Можайском Ферапонтовом монастыре в день обретения святых мощей Ферапонта Можайского. Через месяц насельники Свято-Екатерининского монастыря вместе со своим настоятелем посещают Ферапонтов монастырь — в день памяти преподобного.
Летом 2000 года в России произошло одно из значительнейших событий в жизни Русской Православной Церкви XX века — прославление Новомучеников и исповедников Российских, в годину лютую от рук безбожников пострадавших.
Этому событию предшествовало торжественное богослужение под открытым небом, на земле массовых расстрелов и захоронений в подмосковном Бутове. Должно быть, нет другого такого места на земле, где было бы расстреляно столько священнослужителей, как на Бутовском полигоне. Их — 720; к ним следует прибавить еще 219 мирян, расстрелянных за веру, но не отрекшихся от Христа.
27 мая Патриарх Московский и всея Руси Алексий II возглавил Божественную литургию и панихиду по убиенным на Бутовском полигоне. В богослужении участвовало множество архиереев, сотни священнослужителей и монашествующих Москвы и Московской области, в том числе и братия Свято-Екатерининского монастыря во главе со своим настоятелем.
С 13 по 16 августа 2000 года Преосвященнейший Тихон принял участие в Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви. 19 августа братия и прихожане монастыря прошли крестным ходом к Храму Христа Спасителя в день его Великого освящения. 20 августа Владыка Тихон участвовал в торжественном Патриаршем богослужении в честь прославления Новомучеников и исповедников Российских.
На Соборе в сонме мучеников были канонизированы насельник Екатерининского монастыря преподобномученик Иоасаф (Крымзин) и священник, окормлявший в стенах монастыря эвакуированных из Польши сестер женского Красностокского монастыря — священномученик Ярослав (Савицкий). Так, в числе 120 прославленных на Соборе Бутовских новомучеников (ныне их 230) оказались новые небесные покровители Свято-Екатерининского монастыря. Незабываемую духовную радость лета 2000 года разделили вместе со всем православным народом и насельники Свято-Екатерининской обители.
В течение всего Юбилейного года Преосвященнейший Тихон, епископ Видновский, совершил множество постригов и хиротоний, как в самом Екатерининском монастыре, так в монастырях и храмах Московской епархии.
Им были освящены возрожденные и вновь выстроенные храмы, больницы, школы, дома для престарелых, интернаты. Владыка Тихон принял участие в благотворительной акции, посвященной возрождению Дома творчества Союза архитекторов в бывшем имении князей Волконских — соседнем Суханове.
Все это время не прекращались строительные работы в самом монастыре. Был перестроен архиерейский корпус, благоустроены другие помещения.
Монастырь издал книжку для детей «Свято-Екатерининская пустынь. История в стихах» — с иллюстрациями художника.
Однажды кем-то из прихожан была принесена в монастырь старая, почерневшая от времени, расколотая на три части икона. Это оказалась Ченстоховская икона Божией Матери. Были отчасти собраны, отчасти пожертвованы средства на реставрацию и золочение иконы. Теперь это одна из почитаемых икон Свято-Екатерининского монастыря.
Летом и осенью 2002 года были изданы две книжки из серии «Подвижники, исповедники и новомученики Свято-Екатерининского мужского монастыря».
Книжки были посвященны подвижникам XIX и XX веков, захороненным в стенах монастыря, — архимандриту Мелхиседеку и схииеродиакону Антонию. К престольному празднику 7 декабря 2003 года вышла из печати книга «Жития преподобномученика Иоасафа и священномученика Ярослава». Небольшая по объему книжка явилась результатом многолетних исследований и работы, проведенной как в московских архивах, так в архивах Беларусии и Польши, уроженцем которой был священномученик Ярослав. С любовью и трепетом были написаны иконы новопрославленным святым, с благоговением составлены тропари, кондаки и молитвы. | 
